كانت لمذبحة دير ياسين في 8 نيسان 1948كبير الأثر على أهالي المغار، وأثارت لديهم مخاوف شديدة.   في 10 أيار 1948 بدأ النزوح عن المغار، حيث أخليت القرية من النساء والأطفال إلى قرية يبنا وجيرة عسقلان، ولم يبق في البلدة إلا المناضلون.  في الساعة الواحدة من فجر 15 أيار 1948 هاجمت الكتيبة رقم 3 التابعة للواء جبعاتي القرية، في عملية اسموها عملية براك(البرق). قصفت المغار بالمدافع والرشاشات، وتقدم قوات الهاغاناه من جميع الجهات ترافقهم المجنزرات، فاضطر المناضلون العرب إلى الانسحاب. بقي في القرية نحو عشرة من الشيوخ وذوي الإعاقات، فقتلوا عند دخولهم القرية علي خاروف وهو ضرير، وأطلقوا سراح بعضهم، وبدأوا بغشيان الدور للبحث عن الذهب والأموال، ثم أشعلوا النيران في بيوت القرية، ثم نسفوها ما عدا أربعة بيوت. من الجدير بالذكر أن عدد بيوت القرية بلغ آنذاك 424 بيتًا. وتعرف القرية اليوم بحرش جيل(حورشات جيل)، ويكثر فيه نبات الصبار(الصبر).(لواء جبعاتي في حرب الاستقلال، ص 550 وما بعدها) بعد نحو عشرة أيام احتل اليهود يبنا وجيرة عسقلان فنزح أهالي المغار إلى قطاع غزة ووصل قليل منهم إلى شرق الأردن.

هذا ما حصل وفق ما جاء في بلاغ صدر عن قوات المجاهدين العرب الموجودة يف منطقة يافا، بقيادة حسن سلامة. 

لم يذكر البلاغ، الذي نشر في صحيفة ((فلسطين))، شيئاً غير أن قافلة يهودية اقتربت من القرية وأطلقت النار على سكانها من جانبي الطريق، من دون أي ذكر لعدد الإصابات. ونقلت صحيفة ((نيويورك تايمز)) نبأ هجوم آخر في 29 آذار/مارس 1948، لم يُكتشف إلا بعد أن اكتُشف حطام عربة مصفحة انفجرت خلال الهجوم على القرية. وقد انتُشلت من الحطام جثث ستة جنود يهود، ولم يُؤت إلى ذكر أية إصابات عربية. اجتاح لواء غفعاتي التابع للهاغاناه القرية في 15 أيار/مايو، عند بداية عملية براك. وذكرت ((نيويورك تايمز)) أن القوات اليهودية المتجهة جنوباً استولت على ((القلعة العربية)) في هذه القرية المتحكمة في الطريق إلى النقب. وبحلول الشهر اللاحق، كان الصندوق القومي اليهودي قد بدأ يسوّي القرية بالأرض. ويروي المؤرخ الإسرائيلي بِني موريس أن يوسف فايتس، من كبار المسؤولين في الصندوق القومي اليهودي، أرسل في 10 حزيران/يونيو اثنين من موظفيه للتجول في السهل الساحلي، من أجل تحديد القرى التي يجب تدميرها وتلك التي يجب أن يوطّن اليهود فيها. وقد أعلم أحد هذين الموظفين فايتس بأنه أتم الترتيبات للشروع في تدمير المغار في اليوم التالي تحديداً. وفي 14 حزيران/يونيو، تلقى فايتس تقريراً عن سير عملية التدمير، وتوجه في اليوم التالي ليرى ما بقي من المغار، وكتب لاحقاً: ((ثلاث جرافات تنهي عملية التدمير. وقد دُهشت من أنه لم يتحرك شيء فيّ أمام المشهد... لا الأسف ولا الحقد، لأن هذه حال الدنيا... لم يكن سكان منازل الطوب هذه يريدون وجودنا هنا)).